2015年8月，福建自贸试验区设立集专利、商标、版权管理“三合一”知识产权局，在福建省率先成为集专利、商标、版权为一身的知识产权行政管理与执法部门，建立了与国际接轨的知识产权管理机制，为区内企业提供更为高效便捷的知识产权服务。
在国家、福建省有关领导的高度重视以及省直有关部门和福建自贸试验区三个片区管委会的大力支持下，目前，福建自贸试验区厦门片区在管委会内设立了“三合一”知识产权局，福州片区在综合监管和执法局加挂知识产权局，平潭片区在市场监督管理局加挂知识产权局，负责专利、商标、版权的综合行政管理和执法工作。
福建省积极探索自贸试验区知识产权工作新路径，除了创新知识产权管理体制机制，在自贸试验区知识产权保护和服务体系构建方面也取得新进展。为健全知识产权保护体制机制，之前，福建省知识产权局牵头与工商、版权及海关等部门联合制定《关于建立福建自贸试验区知识产权行政执法与海关保护协作机制的意见》，就部门间建立联席会议制度、共享执法信息、建立案件会商制度及执法协作等达成协作意见，提高福建省自贸试验区知识产权行政执法与海关保护的协调性和便捷性。
同时，福建还在福建自贸试验区福州、平潭片区设立知识产权服务工作站，组织专利代理机构、维权援助中心以及专利运营单位进驻工作站，为片区内企业开展专利申请、专利运营以及维权援助等知识产权相关服务，并安排人员到平潭片区挂职、到厦门片区协助开展工作。
目前，福建省正加大力度推动厦门开展两岸知识产权经济发展试点，努力加快在福建自贸试验区厦门片区建设知识产权快速确权、维权中心等工作。厦门市知识产权局也正在按照厦门市政府印发的试点工作方案推进两岸知识产权经济发展试点工作。
2015年，国家知识产权局组织国务院发展研究中心有关专家分赴上海、天津、福建、广东等四个自贸试验区开展调研，对福建自贸试验区知识产权工作开展表示肯定，认为福建和上海在完善自贸试验区知识产权管理和执法体制机制方面，工作力度走在全国各自贸试验区的前列。
福建省知识产权局有关负责人表示，建立国际化知识产权综合管理运行体系势在必行。福建自贸试验区不仅要建立统一的知识产权综合行政管理机制，建立多元化的知识产权争端解决机制，建立国际化的知识产权服务机制，还要建立完善的自贸区知识产权政策，建立顺畅的知识产权合作交流机制。
据了解，国际上知识产权的行政管理总体以集中管理模式为主，而目前我国大部分地区的专利、商标、版权采取的是分散的管理和执法模式。福建省参照上海自贸试验区做法，结合福建省实际，探索实践与国际接轨的知识产权保护管理机制，是加快转变政府职能、深化行政体制改革的先行先试举措。
